El Obispo Vásquez desarrolló un intenso trabajo administrativo, creando diversos cargos para que estuvieran al servicio del buen funcionamiento de todas las Iglesias del país, es durante su gestión cuando se crean los Sectores a través de los cuales sigue funcionando en la actualidad la Iglesia, además los Superintendentes de Distrito tienen un territorio más concentrado, para que el espacio geográfico sea mejor atendido por los pastores.
Durante su período se produce el fallecimiento del antiguo Obispo Mamerto Mancilla Tapia el año 1988, quien seguía trabajando como pastor titular de la Iglesia de Temuco Calle Zenteno, el reconocimiento póstumo a quien fuera un gran Siervo de Dios fue extraordinario, congregando en Temuco, a cientos de personas provenientes del territorio nacional e incluso del extrajero, que reconocían en él la trayectoria de un verdadero discípulo del Señor.
También durante la gestión del Obispo Vásquez se desarrolló un programa de trabajo tendiente a lograr que las autoridades nacionales de Chile velaran por el respeto y la igualdad de culto, donde se trabajó en conjunto con otras Iglesias hermanas, Pastores y Obispos, pues hasta fines del siglo XX las Iglesias chilenas tenían reconocimiento pero como instituciones de derecho privado, eso significaba que tenían una categoría jurídica semejante a una agrupación deportiva, o un club de entretenimiento, por lo cual las congregaciones estaban en desmedro frente a la Iglesia mayoritaria en el país, aún cuando efectivamente las comunidades evangélicas representan sectores de una minoría religiosa, esta minoría no deja de ser significativa, teniendo en consideración que se ha mantenido en un acelerado crecimiento que la ha ido posesionando como una activa comunidad dentro de la sociedad chilena, y en algunas comunas del país como en la zona de la Provincia de Arauco, en la Región del Bío Bío , la fe evangélica es mayoritaria. Junto con su arduo trabajo por lograr conquistas de igualdad jurídica para la Iglesia, la administración del Obispo Vásquez sigue trabajando en el ámbito nacional, y se logra comenzar a trabajar en otros países como son Brasil y Uruguay, en Sudamérica.
Sus luchas por la igual jurídica logran tener resultados con la promulgación de la Ley de Igualdad de Culto y la creación de la Personalidad Jurídica de Derecho Público para las Iglesias Evangélicas, esto se ve concretado en el gran anhelo del Obispo Vásquez cuando la Iglesia Metodista Pentecostal de Chile el 3 de Enero de 2001 por Decreto Supremo No. 303 del Ministerio de Justicia y en apego a las normas legales de la Ley 19.638, pasa a constituirse como IGLESIA METODISTA PENTECOSTAL DE CHILE DE DERECHO PUBLICO con la inscripción respectiva en ese Ministerio bajo número 00043.
Junto a su labor como Obispo propiamente tal, destaca 
también por su gestión como pastor frente a la Iglesia de Jotabeche en Santiago, donde logra establecer diversas obras dentro de dicho circuito y en 1967 (antes de ser Obispo) ya había comenzado la construcción de uno de los templos más grandes de América Latina, lugar del Servicio de Acción de Gracias, que se celebra en el mes de septiembre, con motivo de los festejos por la Independencia Nacional. Estos Servicios de Acción Gracia tienen sus propias versiones en diversas zonas del país donde las Iglesias Evangélicas en conjunto, ruegan a Dios por la Patria, este hecho es muy significativo, porque en la actualidad forma parte incluso de los programas de festejo oficiales en varios lugares del territorio nacional.
El 25 de julio del año 2003, duerme en los brazos del Señor el Obispo Javier Vásquez Valencia.