Es posible sostener que ya a comienzos del siglo XX, Chile cuenta en el territorio nacional con diversas Iglesias Evangélicas provenientes de las distintas ramas de la Reforma desarrollada en Europa durante el siglo XVI, y que también pasaron a Estados Unidos, desde donde comienzan a ingresar al territorio nacional y paulatinamente más chilenos y chilenas se convierten en evangélicos.
Las potencias del mundo siguen inmersas en una serie de competencias colonialistas, que terminarán por llevar el mundo a la Primera Guerra Mundial, mientras que la clase dirigente de la sociedad chilena disfruta de la cómoda posición que les otorga el hecho de tener el primer lugar en la producción de salitre a nivel mundial, lo que contribuye al embellecimiento de los centros urbanos y a un gran dinamismo, dado al comercio producido por esta situación.
Es a la próspera ciudad de Iquique que llega proveniente de los Estados Unidos junto a su esposa el médico Willis C. Hoover, para hacerse cargo de la Rectoría del Colegio Inglés de Iquique, designado por la Iglesia Metodista Episcopal, pues había sentido en su corazón el llamado al ministerio misionero, lo que lo decidió a dejar su ciudad originaria de Chicago y trasladarse a uno de los últimos países del hemisferio sur.
La labor de este médico en Iquique, como rector del Colegio Inglés, llega a su fin cuando es enviado a una nueva destinación, en esta ocasión como Pastor de la Iglesia Metodista Episcopal, en la ciudad puerto de Valparaíso. Cuando llega el Pastor Hoover a esta ciudad, comienzan a llegar al país diversas noticias de distintas partes del mundo como la India y Estados Unidos, sobre el despertar espiritual que se estaba produciendo en estas regiones, que llevó a que se produjeran diversas manifestaciones del poder de Dios, por medio del Espíritu Santo; sanidades, milagros, reconciliaciones, idiomas extraños, éxtasis, son solo algunos de los aspectos que comenzaron a tener eco en Chile.
Los hermanos de Valparaíso pastoreados por el Reverendo Hoover, comienzan paulatinamente la búsqueda de estas manifestaciones en conjunto con el estudio de la Biblia, destacando los prodigios y señales relatados en el Libro de los Hechos de los Apóstoles, en el Nuevo Testamento. Los resultados de esta búsqueda no se demoraron en llegar a la Iglesia Metodista Episcopal en Valparaíso. Las manifestaciones empezaron a ser una constante dentro de la Iglesia, llegando a congregar cientos de fieles, que experimentaban la realidad del bautismo de Espíritu Santo.
A pesar de todos los efectos positivos que produjo el avivamiento, algunos dentro de la misma Iglesia Metodista Episcopal se mostraron partidarios, pero otros acostumbrados al sistema, consideraron que esto se escapaba de lo común, olvidando de esta manera los poderosos acontecimientos producidos durante el despertar en Inglaterra ya en los tiempos de Wesley, donde el fervor también era una constante, y donde llegó gente proveniente de los más diversos sectores socioeconómicos. En Chile, la Iglesia fue testigo como numerosas personas acudían al sencillo mensaje de la cruz y donde la experiencia del bautismo del Espíritu Santo, no tenía limitaciones, lo que hizo que incluso el templo en el puerto se hiciera estrecho. Por otra parte diversos medios trataron de ridiculizar el movimiento, a lo que se añaden flancos de oposición, ya fuera desde la Iglesia mayoritaria en el país y desde las clases gobernantes, que en el centro del país además son propietarios de la mayor parte de las tierras agrícolas de los campos chilenos, donde no tardarán en comenzar a llegar los efectos del avivamiento.
La verdad es que el avivamiento propiamente tal comenzó en Chile, antes de 1909, de hecho las manifestaciones son considerables antes de esta fecha. Lo que sucede es que en Santiago las dos Iglesias Metodistas Episcopales existentes en la ciudad la Primera Iglesia Metodista Episcopal (Calle Portales, hoy cueto con Agustinas) y la Segunda Iglesia Metodista Episcopal (Población Montiel), también tenían entre sus filas a diversos miembros que ya estaban orando por un despertar en sus propias iglesias, lo que significó una predisposición también de un sector importante a recibir el avivamiento. Cuando viajó a la capital la hermana Elena Laidlaw, para compartir diversas noticias de la Iglesia Metodista Episcopal en Valparaíso, algunos estaban dispuestos a oírla y otros totalmente en contra. Esto significó que cuando el domingo 12 de septiembre de 1909 se realizaron los servicios, la hermana quiso hacer uso de una oportunidad para dirigirse a los asistentes, las autoridades se lo impidieron, y es más, en la reunión de la Iglesia de Calle Portales, la hermana Elena fue arrestada, a pedido del Superintendente Metodista pastor Rice. Esto trajo como resultado que de ambas Iglesias salieran dos grupos en el mismo momento, pero de congregaciones diferentes, de la Primea Iglesia Metodista Episcopal se formó la Primera Iglesia Metodista Nacional (conocida como la Iglesia de Jotabeche) y de la Segunda Iglesia Metodista Episcopal se formó la Segunda Iglesia Metodista Nacional (hoy esta iglesia es la actual congregación de la Iglesia Evangélica Pentecostal de Calle Sargento Aldea). Las dos nacieron el mismo día, el 12 de septiembre de 1909, es por esto que se toma como fecha de fundación, y se ha pasado a conocer como el avivamiento de 1909, cuando en realidad el avivamiento se estaba viviendo en el país con anterioridad a esta fecha. Los grupos salientes quedan trabajando en forma independiente, considerando que las Iglesias Metodistas de los tiempos de Wesley, daban muchas oportunidades para que los hermanos fueran una parte activa dentro del ministerio, por eso es posible apreciar que todos los agentes una vez que son miembros aceptados dentro de la iglesia, pueden desarrollar las más diversas labores, al separarse se instaura el nombre de Iglesia Metodista Nacional, de esta manera representan una corriente diferente a la Metodista Episcopal, pero con la cual conservan su identidad “Wesleyana”, al tiempo que el término Nacional le da claras características que este movimiento está integrado en esta ocasión mayoritariamente por chilenos.
Por su parte en Valparaíso el pastor Hoover, con el grupo (mayoritario) partidario del avivamiento debe hacer frente a la oposición, al mismo tiempo que las presiones de parte de las autoridades de la Iglesia. Recién a comienzos de 1910 el grupo decide tomar su propio rumbo, dejando el seno de la Iglesia Metodista Episcopal, frente a lo cual el Reverendo Hoover, también toma la decisión de acompañarlos y de esta manera seguir trabajando por afianzar el movimiento a nivel nacional, cuando los Metodistas Nacionales de Santiago se enteran de la decisión de sus hermanos de Valparaíso invitan al pastor Hoover a que sea su Superintendente. Él acepta y también con esta decisión el nombre de la Iglesia tiene una nueva modificación quedando oficialmente como Iglesia Metodista Pentecostal de Chile, dando énfasis con el nombre de Pentecostal a la referencia de los hechos acontecidos en la Fiesta de Pentecostés, en la ciudad de Jerusalén durante el siglo I, cuando fue derramado el Espíritu Santo sobre los creyentes.
El pastor Hoover debe enfrentar una serie de situaciones que son propias de la organización de una naciente institución, pero tiene como respaldo una congregación fervorosa, junto a los obreros que desde distintos ámbitos comienzan a apoyar el trabajo que esto implica, a lo que se agrega la dirección del Espíritu Santo, junto con la autoridad de la Biblia. Si en las ciudades del centro el movimiento fue característico de las Iglesias Metodistas, la verdad es que el despertar traspasó a esta Iglesia, como fue la constante en el mundo entero, donde el movimiento fue a nivel de la gran mayoría de las iglesias protestantes, de hecho en las zonas del centros sur y sur, las congregaciones de las Iglesias Presbiteriana y la Alianza Cristiana y Misionera, estaban viviendo sus propios movimientos espirituales de avivamientos, por lo cual a la llegada de los “misioneros metodistas pentecostales” a estas zonas, era posible encontrar gente dispuesta a involucrarse en el movimiento, esto explica porque en apenas 10 años (desde 1910 a 1920) ya existían varias destinaciones pastorales a distintas zonas del país, como es el caso de los Pastores Carlos A. Gómez (Pitrufquén), Víctor Pavez Toro (Santiago), Alfredo Salas (Quillota), Guillermo Castillo (San Fernando), Ceferino Arancibia (Concepción), Carlos Leigthon (Santiago), José Flores (Temuco), Manuel Umaña Salinas (Santiago), Daniel Venegas (Concepción), Vicente Mendoza (Valparaíso), Víctor Gatica (primero a Temuco y después trasladado a Los Andes), Gerónimo Baudo (Punta Arenas) y Manuel García (Mulchén y también Angol).
Y ya en 1911 la Iglesia tiene presencia en ciudades tan diversas como Quilpué, Limache, Nogales, La Cruz, Batuco, Talagante, San Francisco de Mostazal, Paine, Teno, Chiguayante, Gorbea. A este avance se agrega en 1912 San Bernardo, Talca y Taltal. Algunos de los pastores fallecieron a temprana edad, o ya eran mayores. Un grupo importante de estos pastores y hermanos se dedicaban a formar la naciente iglesia y después se trasladaban a otra zona, para comenzar desde cero nuevamente o con el apoyo de algunos cuantos hermanos.
Cuando se llega a la década de 1930 la Iglesia ya estaba presente en más zonas del país, a las ya señaladas anteriormente, cabe agregar que hasta 1930 se habían añadido congregaciones en San Felipe, Viña del Mar, Talca , Valparaíso (población Vergara), Peñablanca, Nogales, Caimanes, Coquimbo, Melipilla, El Monte, Naltagua, San Antonio, La Cisterna, Lo Lillo, Buin, Linderos, Alto Jahuel, Hospital, Rancagua, San Francisco de Mostazal, El Teniente, Rengo, Lo Miranda, San Vicente de Tagua Tagua, Curicó, Doñihue, Constitución, Linares, Chillán, San Carlos, Parral, Longaví, Talcahuano, Tome, Lota, Lirquén, Angol, San Rosendo, Bulnes, Renca, Quilicura, Lampa, Tiltil, Maipú y Puente Alto.
El 30 de septiembre de 1929 la Iglesia recibe su Personalidad Jurídica mediante decreto Nº 2148.
